只对女性有反应、世界最强的超级兵器“Infinite Stratos(IS)”。

因为IS的问世,性别平等被破坏,世界变成女尊男卑的社会。主角“织斑一夏”在高中的入学试验误入IS操纵者育成学校“IS学园”的试验会场并意外地启动了IS。成为全世界关注的“世界上唯一能操纵IS的男性”的一夏,被政府强制就读向来只有女性的IS学园,在全校师生对他充满好奇心的视线下,一夏波澜壮阔校园生活就此展开。